Chùa Ba Đồn tọa lạc tại ấp Tứ Tây, phường An Tây trên đường từ đàn Nam Giao đi về hướng Nghĩa Trang thành phố. Chùa Ba Đồn đã từng chứng kiến qua nhiều thăng trầm của lịch sử qua các giai đoạn. Nay lại được biết đến, bởi đây là nơi an nghỉ của hàng vạn con người xấu số – một khu mộ hợp táng lớn nhất cả nước. Chùa do các phổ (phường nghề) tự lập và những người giữ chùa là những người bán thế xuất gia (có gia đình), không có tu sĩ như các chùa khác.

Từ phía ngoài nhìn vào chúng ta sẽ thấy rất rõ những bãi cỏ rộng, bằng phẳng, xung quanh có nhiều lăng mộ khác chen vào. Đó là ba bãi cỏ tuyệt chỉ mọc một loại cỏ chỉ xanh rờn bằng phẳng giống như ba cái sân bóng. Ở giữa nổi lên một ngôi chùa nhỏ, giống một ngôi miếu hơn là chùa. Trước kia nơi đây không phải là chùa, mà chỉ là một bãi đất trống được dùng làm cồn mồ chôn cất những người đã chết không nơi nương tựa trong các giai đoạn chính của lịch sử.

Năm 1803, trong giai đoạn xây dưng kinh thành Huế, vua Gia Long (1802 – 1819) đã cho tiến hành việc di dời 8 ngôi làng nhỏ nằm ở phía Bắc của sông Hương, khu vực cồn mồ của 8 làng cũng được di dời. Với những mồ mả không có thân nhân đến nhận thì triều đình cho tiến hành việc quy tập lên vùng rừng núi phía Tây Nam của thành phố (nay khu vực này là xóm Hành, thuộc thôn Tứ Tây, xã Thủy An, thành phố Huế). Triều đình cho lập văn bia cho các ngôi mộ này vào 07/03/1803 và ghi rõ: “Ân Tứ Hiệp Táng Vô Tự Chi Mộ” (nghĩa là nơi an táng những người chết không nơi nương tựa), mà dân gian thường hay gọi là “cồn mồ 8 làng”.

Đến năm 1835, vua Minh Mạng cho lập một bàn thờ ở giữa trời (đàn) tại cồn mồ 8 làng đề hằng năm nhà nước tổ chức cúng tế những cô hồn của 8 làng. Về sau cho dựng thêm hai đàn nữa để cúng tế những cô hồn của cồn mồ thứ hai và thứ ba.

Dân chúng gọi ba cồn mồ có ba đàn hằng năm tế lễ đó là Cồn mồ Ba Đàn (Ba Đồn). Sau ngày thực dân Pháp đánh chiếm Huế, dân chúng và binh lính trong Thành đạp nhau chạy theo vua ra các cửa Nhà Đồ, cửa Hữu làm chết hàng ngàn người. Lúc đầu người chết được dập hai bên lề đường và ngay trong các vườn nhà chung quanh. Về sau người Pháp “giăng giây thép hoạ địa đồ nước Nam” bắt dân chúng phải cất bốc hết các mồ mả chôn trong và ngoài Kinh thành. Những mồ vô chủ lại được đưa lên Ba Đồn “hợp táng” hình thành thêm một số Cồn mồ nữa.

Trải qua những biến cố thăng trầm của lịch sử, ngôi miếu xưa đã bị đổ nát rất nhiều. Nhưng nhờ sự đóng góp của bà Nguyễn Thị Lựu (bà ngoại của vua Thành Thái), cùng người dân khắp nơi, đặc biệt là người dân địa phương, ngôi miếu đổ nát năm xưa đã được trùng tu, để ngày nay trở thành nơi cúng tế hàng năm cho dân làng ở Ba Đồn.

Chùa Ba Đồn xưa còn gắn liền với những sự tích huyền bí, bất kể người dân nào dù là lớn hay nhỏ đã từng sống và lớn lên tại đây đều rất thành kính hướng về Ba Đồn, vì thế mỗi dịp đi ngang đây, người dân cũng không to tiến, cũng không đùa giỡn, thậm chí không một ai dám đá banh ngay trên bãi đất trống bằng phẳng trong khuôn viên của chùa.

Và để cầu mong cho các linh hồn sớm siêu thoát, miếu Ba Đồn đã rước tượng Phật về để thờ. Dần dần ngối miếu nhỏ được xây cất thành một ngôi chùa nhỏ, mà ngày nay mọi người Huế đều quen với tên gọi – chùa Ba Đồn.

Hiện nay, một số hạng mục công trình của chùa đã bị xuống cấp, nhiều hiện vật quý của chùa ngày trước như chiếc đại hồng chum, một chiếc trống đại, hay 1 bức hoành phi sơn son thếp vàng do ông Hoàng Châu Nguyên, một thương nhân Trung Hoa gửi tặng năm xưa giờ đây đã không còn nữa. Khuôn viên của chùa cũng đã bị chiếm dụng đi nhiều.

Đất trên các cồn mồ tại Chùa Ba Đồn chỉ có cỏ mọc chứ không thấy bất cứ một loài cây lớn nào: theo giải thích của các vị sư trong chùa thì ngày trước khi chôn xác tại đây, người dân đã rải rất nhiều muối lên nơi này; có ý kiến khác cho rằng vì dưới đất là hàng ngàn xác chết nên tử khí bốc lên không ngớt, cũng vì thế mà không một loại cây lớn nào có thể mọc lên được.

Các sư thầy của chùa Ba Đồn đều là những “người bán thế xuất gia” (nghĩa là vẫn có gia đình), chứ không phải thuộc tầng lớp tu sĩ như các ngôi chùa khác. Cũng vì thế, trải qua những biến cố của lịch sử, ngôi chùa Ba Đồn vẫn chưa được Giáo hội Phật giáo công nhận.

Chùa Ba Đồn là một di tích rất lạ với mười cồn mộ hợp táng lớn nhất nước, đây còn là nơi hợp táng những chiến sĩ yêu nước đã hy sinh dũng cảm trong biến cố đánh Tây năm 1885 để bảo vệ Kinh thành Huế. Ngày nay Kinh thành Huế được công nhận là di sản thế giới, việc tôn tạo các di tích nầy để tưởng nhớ người xưa là sự thể hiện đạo lý uống nước nhớ nguồn của thế hệ con cháu hôm nay.